酸酶（DNase，RNase）
通过凝胶电泳分析的DNA和RNA分子必须保持完整。有害核酸酶的存在会降解样品中的核酸，并且不会检测到目标分子。（有关更多信息，请参阅关于无RNase的水的单独部分）。
离子/金属
必须保持用于制备凝胶和运行缓冲液的缓冲液的离子强度和pH值。高水平离子的存在会改变溶液的离子强度。
细菌
被细菌污染的水可能包含降解副产物，如核酸酶和离子，如前所述，它们会影响核酸的凝胶电泳。
在实验中，来自大肠杆菌的 rRNA将其加载到琼脂糖凝胶上。用两种类型的水制备凝胶和缓冲液：纯净水（类型2）和超纯水（类型1）。结果如图1所示。在超纯水制备和运行的凝胶中，获得了更高的信号/谱带强度。
图1：rRNA的琼脂糖凝胶电泳。使用纯净和超纯水制备凝胶和缓冲液。超纯水的带强度较高。
