1）向所需样品添加负载染料。
2）做一个凝胶。例如，琼脂糖凝胶是通过将琼脂糖粉末与缓冲液混合，加热直**粉末溶解，加入溴化乙锭，将混合物倒入凝胶盒中并放入梳子中，在凝胶冷却后将其拉出，以制备孔。
3）确保这些孔的位置使得被分析的材料有足够的空间运行。例如，由于DNA是阴性的并且朝向正极跑，所以这些井**好位于负极远端。
4）在凝胶盒中加入足够的运行缓冲液以覆盖凝胶。
5）加载样品（一个梯子通常也加载）。
6）将电极连接到电源。
7）运行指定的时间。
8）凝胶运行后，关闭电源，小心地取出凝胶，并使用紫外线灯箱进行分析。
凝胶
电泳仪通常用于分析用途，但也可以作为制备技术，在采用某些方法(如质谱(MS)、聚合酶链式反应(PCR)、克隆技术、DNA测序或者免疫印迹)检测之前部分提纯分子。
